Chasseur de microbes

Grand Prix 2010 de l'Inserm, Didier Raoult, spécialiste des maladies infectieuses, a décrit, avec son équipe marseillaise, des virus complexes qui bouleversent notre connaissance du vivant. Portrait d'un anticonformiste

Pierre Le Hir, LM, 19 novembre 2010

Le mistral roule du Vieux-Port jusqu'au campus de la Timone, mais Didier Raoult aime aller vent debout. Ce bourlingueur de la science ne goûte rien tant que naviguer à contre-courant. "Ceux qui font avancer la recherche, dit-il, ce sont ceux qui savent se dérouter, sortir des voies tracées, prendre le contre-pied de la pensée dominante." Visage buriné, longues mèches indisciplinées et poitrine ouverte, le chercheur a des allures de loup de mer, à la Olivier de Kersauson. Volontiers provocateur, il a sa place parmi les "grosses têtes". Pas tout à fait les mêmes : ce professeur de microbiologie à la faculté de médecine de Marseille, directeur de l'unité de recherche sur les maladies infectieuses et tropicales émergentes (Université de la Méditerranée-CNRS-IRD), est, à 58 ans, l'un des savants français les plus prolifiques et les plus cités, avec quelque 1 300 publications à son actif. Le 30 novembre, il recevra le Grand Prix 2010 de l'Institut national de la santé et de la recherche médicale (Inserm).

"Donner leur chance aux individus"

"Je suis ce que les Américains appellent un "maverick"", lance-t-il. Un non-conformiste. Un iconoclaste, même. En témoigne son dernier ouvrage, Dépasser Darwin (Plon, 164 p., 18,90 euros) qui sape "les certitudes d'un darwinisme trop souvent érigé en dogme". De son cursus peu académique, Didier Raoult tire une forme de mérite. "J'étais un mauvais élève, agité, aux bulletins scolaires effarants", raconte-t-il. Abonné aux redoublements, il abandonne le lycée en classe de 1re, en 1968, et, quand d'autres apprennent à lancer des pavés, embarque sur un paquebot, le bien nommé Renaissance. Il passe un bac littéraire en candidat libre, s'essaie brièvement au chinois, reprend la mer, entame pour finir des études de médecine - les seules qu'accepte de lui payer son père - et fait son internat en huit mois. De ces années de formation au "monde réel", il garde la conviction que "la sélection précoce est une chose terrifiante" et qu'"il faut donner leur chance aux individus". L'adolescent rebelle ne s'avouera que sur le tard, la cinquantaine venue, qu'il a mis ses pas dans les pas de son père, médecin militaire à Dakar. Et ceux, oublie-t-il de dire, de sa mère, infirmière, petite-fille de médecin hospitalier. Son épouse est elle-même psychiatre et ses deux filles ont choisi la médecine. Comme si la génétique n'était, finalement, pas si hasardeuse.

Après son service militaire à Tahiti, où il se forme dans le domaine des maladies infectieuses, puis un post-doctorat aux Etats-Unis, où il décline une offre de poste alléchante, il crée de toutes pièces à Marseille, en 1983, une unité de recherche sur les rickettsies, une famille de bactéries intracellulaires responsables du typhus. "A l'époque, se souvient-il, personne ne s'intéressait plus aux maladies infectieuses et j'ai pu rapidement me faire un nom." Depuis, son laboratoire a identifié, séquencé et décrit près d'une centaine de nouveaux agents pathogènes. C'est aujourd'hui un centre de référence mondiale pour des infections comme la fièvre Q (la coxiellose, provoquant pneumopathies ou hépatites) et la maladie de Whipple (affection rare mais parfois fatale). Le chercheur reçoit en consultation des patients du monde entier et, tous les ans, entre 10 000 et 15 000 échantillons de peau, de sang ou d'organes lui sont adressés, y compris des Etats-Unis, pour diagnostic. Sa notoriété scientifique, c'est pourtant à d'étranges "bestioles" que son équipe de recherche, désormais forte de 140 personnes, la doit : des virus géants, et des virus mangeurs de virus. Une véritable révolution dans le monde du vivant. En 2004, elle annonce, dans la revue américaine Science, le séquençage (réalisé avec le laboratoire Information génomique et structurale de Jean-Michel Claverie, également marseillais) de Mimivirus : un virus si grand - 0,4 micromètre, plusieurs dizaines de fois la taille des plus petits virus - et si complexe que les chercheurs britanniques qui l'avaient isolé, douze ans plus tôt, dans l'eau d'une tour de climatisation, l'avaient d'abord pris pour une bactérie. Sous l'oeil du microscope électronique, le monstre s'est révélé être un virus, mais d'un type totalement nouveau.

Un nouveau domaine du vivant

Non seulement son génome comporte plus de 1 million de paires de bases et un millier de gènes - la plupart des virus ne comptent que quelques dizaines de milliers de paires de bases et quelques dizaines de gènes -, mais surtout, certains de ces gènes possèdent des fonctions de synthèse de protéines qui, absentes chez les virus ordinaires, sont le propre des organismes cellulaires, dont les virus ne font pas partie. Mimivirus, descendant d'un ancêtre vieux de plus de trois milliards d'années, appartiendrait à un nouveau domaine du vivant. Rien de moins ! Les manuels scolaires enseignent que le monde du vivant se partage entre les eucaryotes (les plantes, les champignons, les animaux et donc les hommes, aux cellules à noyau complexes), les bactéries (à cellule unique sans noyau) et les archées (micro-organismes unicellulaires sans noyau mais distincts des bactéries). Les virus, parasites qui ont besoin d'une cellule hôte pour se multiplier, n'étaient jusqu'alors pas considérés comme vivants. La complexité et la fonctionnalité du génome de Mimivirus, comme des autres virus géants repérés depuis, invitent pourtant - le débat reste ouvert - à ajouter une quatrième branche à l'arbre de la vie. En 2008, l'équipe de Didier Raoult relate, dans la revue britannique Nature, une autre découverte tout aussi sensationnelle. Celle d'un virus satellite, baptisé Spoutnik, capable d'en infecter un autre pour survivre : un virophage. Des virus mangeurs de bactéries étaient déjà connus, mais ce nouveau mode de multiplication est une surprise complète. Elle étaye elle aussi la thèse du caractère vivant des virus.

Qu'est-ce alors que la vie ? "Je suis incapable de la définir", dit le chercheur, qui refuse de se laisser "enfermer" dans le carcan des mots. La capacité de reproduction ne lui semble pas un critère pertinent, sauf à considérer qu'une mule (stérile) ou une abeille (dont seule la reine pond) ne sont pas vivantes. Ce qui caractérise le vivant, avance-t-il, c'est peut-être "la faculté de transmettre de l'information" contenue dans l'ADN et colportée par l'ARN messager. Une aptitude que possèdent, comme les trois autres grandes familles, les virus géants. Rétif aux "dogmes" et aux "modes intellectuelles", le biologiste n'hésite pas à s'en prendre à la théorie darwinienne de l'évolution qui relève, à ses yeux, d'une "vision post-biblique". Celle d'une continuité des espèces pas si éloignée, selon lui, de l'approche créationniste. Le monde, pense-t-il, est un "chaos" génétique, une "immense orgie collective" de gènes échangés et recombinés - dont certains, dits orphelins, sont de pures créations -, et l'homme "une chimère", une mosaïque en perpétuelle recomposition. Notre corps, qui abrite, pour chaque cellule humaine, au moins 100 bactéries, 1 000 virus et 10 archées, est en fait "un écosystème à part entière". De son laboratoire, qui accueille chaque année plusieurs dizaines d'étudiants étrangers, il a fait un bouillon de culture. "En quinze ans, rapporte-t-il, j'ai vu l'émergence de la recherche chinoise. C'est aujourd'hui le tour du Moyen-Orient et de l'Afrique." Lui qui puise ses références dans la culture gréco-romaine est persuadé que ces nouveaux chercheurs, non formatés par les concepts occidentaux, vont faire "exploser" les cadres de la pensée. Comme de vivifiants agents infectieux.

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