source : http://www.dsi.univ-paris5.fr/genatlas/webimpbio.html, s.d.

Genatlas, note de Jean Frézal

Il y a théoriquement en médecine trois types de préventions : les préventions primaire, secondaire et tertiaire

La prévention primaire se définit comme l'évitement de la cause même de la maladie. Dans le cas qui nous préoccupe, cela n'est pas envisageable car les mutations du matériel génétique sont liées à des facteurs environnementaux incontrôlables tels que les radiations.
La prévention secondaire se définit comme la prévention non pas de la survenue de la maladie, mais de ses conséquences physiques et de ses complications. Dans le cas des maladies génétiques, la prévention secondaire peut se concevoir par une intervention in utero, en période néonatale, ou plus tard selon la nature du déficit primaire. Un traitement néonatal peut être institué dès lors que les conséquences de la maladie ne sont pas encore irréversibles à ce stade. C'est le cas par exemple de la phénylcétonurie. Dans cette maladie génétique, l'absence de l'enzyme n'est préjudiciable pour l'enfant que dès lors qu'il absorbe des protéines contenant de la phénylalanine. Un régime alimentaire approprié permet d'éviter l'apparition postnatale du retard mental. Un traitement plus tardif ou un retrait de tout facteur d'exposition déclenchant peuvent également s'envisager plus tard dans la vie si l'expression de la maladie est elle-même tardive.
La prévention tertiaire consiste à prévenir le handicap social et les complications telles, par exemple, les déformations posturales dans la myopathie. C'est la prévention qui a été la plus extensivement mise en place ces dernières années, car elle correspond à la pratique médico-sociale standard. Malheureusement elle ne modifie l'évolution naturelle de la maladie que dans 50 % environ des maladies génétiques connues à ce jour.

L'objet de la médecine prédictive serait donc de développer la prévention secondaire

Connaissant le polymorphisme génétique d'un individu et ayant identifié les polymorphismes susceptibles de favoriser la survenue d'affections graves, il s'agirait de prendre des mesures (retrait d'exposition, changement de mode de l'ambition constante des chercheurs fut de dresser des cartes génétiques semblables pour d'autres espèces et notamment pour l'homme. C'est une entreprise qui n'allait pas de soi. La première attribution ne date que de 1947 et concerne les gènes de l'hémophilie et du dal- tonisme que Julia Bell et J. B. S. Haldane situèrent, à proximité l'un de l'autre, sur le chromosome X. Il fallut attendre 1951 pour que la première liaison entre deux caractères autosomiques (non portés par un chromosome sexuel) soit établie par J. Mohr. Il s'agissait du groupe sanguin Lutheran et du caractère secréteur. Enfin, la première attribution d'un gène à un chromosome autosomique est due à R. B. Donahue. Il s'agit du facteur sanguin Duffy, localisé sur le chromosome 1. De ce bref rappel historique, on voudra bien retenir que la cartographie a « oscillé », dès le départ ou presque, entre deux approches. Pour la cartographie physique, la référence est le chromosome et les repères sont les bandes cytogénétiques. La cartographie génétique repose sur l'étude des ségrégations dans les familles. Au Congrès international de génétique humaine qui s'est tenu à Paris en 1971, quelques équipes, dont la nôtre, présentaient les premiers résultats obtenus de l'hybridation interspécifique de cellules somatiques en culture. À cette date, on dénombrait moins de 20 paires de liaisons. Seize années plus tard, au séminaire sur la cartographie des gènes de l'homme tenu à Paris (1987), quelque 1 000 gènes étaient localisés sur les chromosomes et la plupart l'avaient été par la méthode d'hybridation. Une petite centaine de maladies étaient cartographiées. La plupart l'avaient été à partir des données relatives aux gènes et sans référence à la maladie. Le premier succès de la méthode génétique fut obtenu en 1983 par J. Gusella, qui localisa le gène de la chorée de Huntington sur le chomosome 4.

D'autres maladies ne sont pas liées à une mutation mendélienne stricte, mais à ce qu'on appelle un gène majeur de susceptibilité

Dans ce cas, la présence de la mutation est nécessaire mais pas suffisante. Il faut l'intervention d'autres gènes ou de facteurs de l'environnement pour que l'affection se constitue. Le raisonnement tenu pour les maladies mendéliennes reste valable, à ceci près que la prédiction est encore plus mauvaise puisque l'incertitude porte non seulement sur l'âge de survenue de la maladie et sa sévérité mais aussi sur la probabilité de survenue de la maladie elle-même. Les gènes majeurs de susceptibilité se transmettent selon les lois de Mendel. L'exemple en est la spondylarthrite ankylosante, qui est un rhumatisme inflammatoire chronique. Les formes familiales ont une prévalence inférieure à 1 pour 1 000. Dans ces familles la maladie est associée à HLA-B27, gène présent chez 95 % des patients mais qui n'explique que 30 à 40 % de la prédisposition génétique. Les maladies ayant une forte composante génétique sont d'ores et déjà connues.

Le dépistage génétique et la base de données Genatlas

On comprend donc le renouveau des études familiales. Ce sont elles qui expliquent la véritable explosion de la cartographie, comme le montre la consultation de notre base de données Genatlas qui enregistrait plus de 10 000 gènes au printemps 2000 ainsi que plus de 2 000 phénotypes dont près de 1 500 maladies mendéliennes, le tout assorti de plus de 30 000 références. Si l'on rappelle que le nombre des gènes de l'homme ne dépasse guère les 30 000, on peut en déduire que les méthodes classiques avaient permis d'identifier, avant même le déchiffrage complet, ou presque, du génome, une proportion significative des gènes de l'homme et l'on peut tenter d'en tirer quelques enseignements ou quelques conclusions.
Lors d'une enquête par questionnaire auprès de 170 professionnels de 15 pays, effectuée en 1999 au nom de la Société européenne de génétique humaine, il est apparu qu'aucun programme de dépistage génétique n'est commun à tous les pays européens en dehors du dépistage néonatal historique. La plupart des dépistages sont effectués dans le cadre d'enquêtes pilotes ou limitées à des populations à haut risque. Pour les dépistages en période néonatale, tous les pays dépistent la phénylcétonurie et l'hypothyroïdie, cinq pays la galactosémie, l'hyperplasie congénitale des surrénales, évidemment pas compte de tous les progrès réalisés auxquels la biologie moléculaire a apporté une contribution décisive. Il reste que la cartographie en a été un moteur puissant et qu'elle se situe à l'articulation entre connaissance fondamentale et application médicale. C'est la raison pour laquelle nous avons intégré dans Genatlas des informations sur la structure et la fonction des gènes et mis l'accent sur les maladies génétiques. Par maladie génétique, nous entendons non seulement les maladies mendéliennes, mais encore des prédispositions à des maladies communes comme les allergies l'hypertension artérielle ou les psychoses, prédispositions qui dépendent habituelle ment de plusieurs ou de nombreux gènes (polygéniques) et de facteurs de l'environnement.
Genatlas, une base pour l'intégration des données de la biologie et de la médecine à la cartographie. Cette base a pour objet d'enregistrer et d'intégrer les résultats des travaux sur la localisation et l'identification des gènes et des maladies. Cet outil met à la disposition de la communauté scientifique et médicale internationale les informations incluant la structure, l'expression, la fonction des gènes et les interactions de leurs produits , mais également les mutations et leurs conséquences pour les maladies. Il est utile aux chercheurs biologistes et généticiens engagés dans la recherche d'un gène et de sa fonction et aux médecins pour l'aide à l'identification des maladies, le conseil génétique et le diagnostic prénatal .
Créé en 1986, Genatlas compile les informations pertinentes qui complètent les données cartographiques sur les gènes et les maladies à partir, à ce jour, de 50 000 articles de la littérature collectés dans plus de 870 revues et la littérature électronique. Ces données sont intégrées les unes aux autres dans le but de répondre à différentes questions : quels gènes pour une maladie ? quels caractères et quelles fonctions pour les gènes ? Quelles maladies pour les gènes ? Genatlas a le soutien de l'INSERM puisqu'elle est rattachée à U 393 dirigée par Arnold Munnich et de l'université René Descartes qui héberge l'application dans son centre de calcul DSI.