La République des Savants à l'épreuve du Covid-19 *

Pour citer cet article : J.-F. Picard, https://histrecmed.fr/dossiers/la-republique-des-savants-a-lepreuve-du-covid-19 (dernière MAJ : 2023)

Il y a quarante ans, le sida surprenait une médecine forte de plus d'un siècle de progrès scientifique qui semblait avoir relégué les maladies infectieuses aux oubliettes de l'histoire. En 2020 avec le covid-19, la France subit l'épreuve d'une nouvelle pandémie d'une toute autre ampleur, laquelle n'est pas sans rappeler celle de grippe maligne survenue cent ans plus tôt dans le monde. Cet article voudrait répondre à un double questionnement, d'abord sur la manière dont le dispositif de santé publique adopté au lendemain du sida a répondu aux urgences de cette nouvelle pandémie, tenter ensuite de préciser la place de la recherche médicale sur l'agent responsable, notamment à l'Institut Pasteur qui eut le rôle que l'on sait dans l'identification et le dépistage du VIH, cause du sida une autre pathologie infectieuse.

L'alerte

Le 9 janvier 2020, 'Le Monde' signale qu'un coronavirus serait à l’origine d'une épidémie de pneumonie apparue au mois de décembre précédent en Chine. Une quarantaine de cas sont notifiées à l'Organisation mondiale de la santé (OMS), dont ceux de onze personnes atteintes d'une forme sévère de pneumonie (1). L'extension rapide de l'épidémie provoque le confinement de Wuhan, une ville de plus de dix millions d'habitants et suscite la réunion du comité d'urgence de l'OMS. Le 22 janvier, le directeur de l'organisme international, le dr. Tedros Adhanom Ghebreyesus, décline la proposition de décréter une urgence de santé publique de portée internationale. Personnage controversé, premier africain nommé à ce poste, le 'docteur Tedros' fut ministre éthiopien de la Santé, membre de l’organisation révolutionnaire Front de libération du peuple du Tigré et il semble qu'il ait cédé à la pression du représentant chinois à l'OMS qui a affirmé que son pays avait les capacités de gérer seul la crise sanitaire (2). L'épidémie devenue pandémie, l'urgence internationale ne sera décrétée que début février.

En France, un premier lanceur d'alerte est le pr. Arnaud Fontanet, le directeur de l'unité de recherche et d’expertise en épidémiologie des maladies émergentes de l'Institut Pasteur. Dès la fin janvier 2020, il en commente le développement, soulignant qu'elle proviendrait de la consommation de viande infectée dans un marché de Wuhan. Concernant l'origine de l'épidémie, les Chinois ont été très efficaces sur la partie virologique en identifiant un coronavirus, c'est-à-dire un agent pathogène entouré d’une capsule protéinique en forme de couronne. Ils en ont partagé la séquence avec les autorités sanitaires internationales afin de mettre au point un test de dépistage dit Arnaud Fontanet, en revanche "sur la partie épidémiologique, les informations sont plus poussives, mais il faut comprendre que les autorités chinoises font face à une crise sanitaire extrêmement complexe et que pour que l'OMS déclare une urgence sanitaire de portée internationale, il faut que la situation nécessite une action coordonnée à l’échelle internationale. Pour le moment, la dimension mondiale reste incertaine, même si on se rend compte qu’il y a une cocotte-minute en Chine" (3)

Fils d'un ancien ministre du président Pompidou, Arnaud Fontanet a passé son doctorat de santé publique à l'université Harvard avant de rejoindre l'OMS en 1993 dans le cadre du programme global de lutte contre le sida. Il a rejoint l'Institut Pasteur en 2002 pour monter l'unité d'épidémiologie des maladies émergentes. Il a travaillé sur le virus de l’hépatite C, sur le VIH et le SRAS, pour lequel il a participé à la constitution du 'consortium REACTing' (REsearch and ACTion targeting emerging infectious diseases). Lancé en 2013 par Yves Lévy alors PDG de l'Inserm et Jean-François Delfraissy qui dirigeait l''Agence nationale de la recherche sur le sida' (ANRS) dans une logique de diplomatie sanitaire, 'REACting' est un réseau collaboratif pluridisciplinaire d'organismes de recherche travaillant sur les maladies infectieuses émergentes dans le monde, comme le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) apparu en Chine en 2002. A l'époque, face au manque de réactivité des autorités locales, un réseau international incluant l’Institut Pasteur avait permis la découverte d'un agent pathogène inconnu, le coronavirus SARS-CoV-1 et les pasteuriens avaient préparé un vaccin antigénique basé sur celui de la rougeole. Mais ils n'avaient pu l'expérimenter sur l’homme, l’épidémie s'étant éteinte entre-temps. On va revenir sur le rôle, crucial, de 'REACting' lors de la pandémie de covid-19.

Incertitudes au ministère de la Santé

Le 21 janvier 2020, l'agence 'Santé publique France' (SpF) lance l'état de vigilance épidémique. Les médecins devront orienter vers les urgences toute personne présentant une infection respiratoire aiguë et ayant voyagé ou séjourné dans la ville de Wuhan en Chine. La France compte alors trois cas de covid-19, un à Bordeaux et deux à Paris, les premiers identifiés en Europe. On estime que l'épidémie restera cantonnée en Extrême-Orient comme ce fut le cas pour le SRAS. La ministre de la Santé, Agnès Buzyn, tient une conférence de presse le 24 janvier. PU-PH à l'hôpital Necker en hématologie et greffe de moelle, ex-présidente de l’Institut national du cancer (INCa), elle est devenue ministre en 2017 dans le gouvernement d'Edouard Philippe. « Nous avons aujourd’hui les premiers cas européens, probablement parce que nous avons mis au point le test très rapidement et que nous sommes capables de les identifier, dit-elle, mais le risque d'importation du virus depuis Wuhan est pratiquement nul et (celui) de sa propagation très faible ». Pour l'heure, le dispositif de prévention repose essentiellement sur l’information à destination des voyageurs qui reviennent de Chine (4). L'une des  premières décisions de la ministre est l'évacuation des ressortissants français installés à Wuhan. Un premier avion rapatrie deux cents Français, essentiellement des cadres de l'industrie automobile avec leurs familles qui sont placés à l’isolement dans un centre de vacances à Carry-le-Rouet (Bouches-du-Rhône). Mais alors que l'alerte sanitaire se renforce, Agnès Buzyn est sur le point de quitter ses fonctions ministérielles. Après avoir envisagé de conduire la liste de la majorité présidentielle aux élections européennes, elle se présente aux élections municipales prévues en mars. 

Masques et tests de dépistage, atermoiements à la DGS

Le 16 février, le dr. Olivier Véran nommé ministre de la Santé pour lui succéder décide de hausser d'un cran la mobilisation. Il accroit les capacités d'accueil à l'hôpital et demande le développement de tests de dépistage. La découverte le 7 février à la station de ski des Contamines-Montjoie de cas de covid-19 chez cinq britanniques dont l'un de retour de Chine, révèle la contagiosité inter-humaine de la maladie. Fin février, le nombre de cas explose en Lombardie. Six ont été répertoriés le 21 février, plus de trois cent le 26. Simultanément deux foyers épidémiques, des 'clusters', sont localisés en France, l'un autour d'un rassemblement évangélique organisé à Mulhouse, l'autre dans le département de l'Oise. La barre des mille cas de covid-19 est franchie début mars dans notre pays.

Si le moment des incertitudes est clos, selon Jérome Salomon, le directeur général de la Santé (DGS), l’une des difficultés auxquelles se heurtent les autorités sanitaires provient de la coexistence du covid-19 avec une épidémie grippale en plein essor. Issu du groupe de médecins et de hauts fonctionnaires proches de l'ancien ministre de la Santé, les 'Kouchner boys', après un passage au service des relations internationales de l'Institut Pasteur d'où il a été révoqué pour des raisons obscures (5), Jérôme Salomon a été nommé DGS par Agnès Buzyn en 2018. Alors que la contagiosité du covid-19 s'exerce essentiellement par voie aérienne, la DGS est victime de plusieurs dysfonctionnements. Dès la fin janvier, la pénurie des masques de protection disponibles en pharmacie renvoie les clients vers l'administration sanitaire, laquelle se retrouve rapidement en rupture de stocks. L'affaire des masques sanitaires vient de débuter. La DGS en est réduite à évoquer l'inutilité du port du masque par le grand public, une déclaration jugée sévèrement par le dr. Franck Nouchi qui accuse les pouvoirs publics "...de masquer leurs carences logistiques par des arguments scientifiques à géométrie variable, notamment en se reposant sur les tests de dépistage" (5bis) .

La situation n'est pas meilleure en matière de tests, un certain nombre de difficultés sont apparues à Pasteur où Sylvie van Der Werf, a préparé un test PCR tout en pointant l'extrême mutabilité du coronavirus, ce qui rend son dépistage délicat : « ce virus dont l’information génétique est portée par une molécule d’ARN a tendance à muter.../ Désolée de parler comme ça, mais il s'agit d'une vraie saloperie» (6). Par ailleurs, les difficultés d’approvisionnement en réactifs nécessaires à la fabrication des tests et leur validation par l'administration sanitaire exacerbent les tensions entre biologistes et cliniciens : «mon labo est l’un des seuls à avoir réussi à surmonter tous les obstacles pour se rendre utile dans cette crise explique Philippe Froguel qui a proposé ses services CHU de Lille, (mais) je me suis fait engueuler comme un gosse. On m’a clairement demandé de rester à ma place et de continuer à faire mes petites recherches". (7)

La République des experts

Afin de réduire les tensions entre spécialistes et de palier aux dysfonctionnements de l'administration sanitaire, le 5 mars 2020, Emmanuel Macron et Olivier Véran réunissent un groupe de praticiens infectiologues dans le salon des ambassadeurs à l’Elysée. Neurologue au CHU de Grenoble-Alpes, militant socialiste Olivier Véran a été le suppléant de Geneviève Fioraso, ministre de la Recherche dans le gouvernement Vals. Il a ensuite rallié 'LRM' dont il a présidé le groupe au sein du conseil régional d'Auvergne-Rhône-Alpes. Efficace et déterminé, il va rester aux manettes au cours de la crise santaire. Dans son allocution télévisée, le président de la République a déclaré : "nous sommes en guerre.../ Il convient de mettre en œuvre tous les moyens de contre l'épidémie, tout en évitant de mettre à mal notre économie.../ Un principe nous guide pour définir nos actions, c’est la confiance dans la science, c’est d’écouter celles et ceux qui savent » (8). Olivier Véran annonce l'installation d'un conseil scientifique dédié au covid-19 dont l'animation sera confiée à Jean-François Delfraissy l'un des créateurs de 'REACTing', devenu depuis président du Comité consultatif national d'éthique pour les sciences de la vie et de la santé (CCNE).

Outre le pr. Delfraissy, ce conseil scientifique est composé de médecins, également membres du groupe 'REACTing' comme Arnaud Fontanet accompagné de son collègue statisticien Simon Cauchemez, des infectiologues Denis Malvy du CHU Pellegrin de Bordeaux où a été traité le premier cas de covid-19, Yazdan Yazdanpanah, le directeur de l'Institut d'immunologie et de microbiologie de l'Inserm, directeur de l'ANRS, et du dr. Lila Bouadma, la réanimatrice de son service de l’hôpital Bichat où ont été traités deux des autres premiers cas de covid-19 identifiés en France, Bruno Lina des Hospices civils de Lyon, expert du virus grippal H1N1. Didier Raoult le patron de l''Institut hospitalo-universitaire infections de Marseille décline sa participation au conseil, on va y revenir. Le conseil comporte en outre le dr. Pierre Louis Druais, fondateur du 'Collège de la médecine générale' et deux représentants des sciences humaines et sociales, l'anthropologue Laëtitia Atlani-Duault et le sociologue Daniel Benamouzig. Il est prévu que le conseil se réunisse tous les jours à la mi-journée en conférence téléphonique afin de répondre aux sollicitations du ministère de la Santé ou de l’Elysée. Ses avis sont rendus de façon collégiale, «nous essayons de construire dans un phénomène d’intelligence collective, dans la difficulté et avec beaucoup d’humilité, les réponses à une situation extrêmement mouvante » explique J-F. Delfraissy (9)

Le 12 mars 2020, lors de sa première réunion, le conseil scientifique constate le doublement en moins d'une semaine du nombre de cas. Certes dans 80% des cas l'affection est bénigne, mais s'y ajoutent 15% de formes sévères et 5% de formes critiques nécessitant un passage en réanimation où la  létalité est estimée à six cas sur dix. Pour parer au risque de saturation des services de réanimation, le conseil préconise une mobilisation hospitalière, « l’enjeu essentiel est de prendre des mesures permettant d’éviter un afflux brutal d’un grand nombre de cas sérieux ou graves qui pourraient submerger les capacités de prise en charge, en particulier dans les services de réanimation"(10).

Concernant les mesures de protection, en l’absence de vaccin, le conseil demande la généralisation de mesures barrières, usage de gels hydro-alcooliques et de masques et surtout il recommande la généralisation de mesures de confinement aptes à diminuer les contacts entre personnes, l'isolement des malades, l'interdiction des rassemblements de masse et la limitation des transports en commun. La fermeture des crèches, des écoles, des collèges, des lycées et des universités, est envisagée pour être écartée, au moins provisoirement. Afin de préserver l'activité économique, le conseil préconise la généralisation du télétravail partout où cela sera possible. Le 16 mars le Premier ministre Edouard Philippe annonce un confinement général de la population, la fermeture pour un mois des bars, restaurants, cafés, cinémas, théâtre et discothèques. Seuls les magasins d'alimentation, les pharmacies, les banques, les bureaux de tabac et les stations-essence resteront ouverts. J-F Delfraissy déclare que le confinement devra durer au moins un mois pour porter ses fruits, mais la question se posera alors de savoir comment en sortir, dit-il. Parmi les solutions envisagées, la généralisation des tests de dépistage est évoquée, mais leur recours se heurte à la pénurie de réactifs importés de Chine et des Etats-Unis.

Essais thérapeutiques, l'affaire de la chloroquine

Le conseil scientifique s'est évidemment préoccupé de solutions thérapeutiques, comme de vaccins et on y reviendra. Prés de 13 M€ sont consacrés à la recherche thérapeutique par le ministère de la Santé et par l'Union Européenne. Yazdan Yazdanpanah doit évaluer sur des centaines de patients des inhibiteurs de protéase, Lopinavir (Kaletra),  Remdesivir, mais ne retient pas la chloroquine, un antipaludéen utilisée à l'IHU de Marseille par son confrère Didier Raoult (11). C'est le début d'un psychodrame médico-médiatique à l'origine d'une agitation soutenue dans les réseaux sociaux. A la suite d'essais cliniques hatifs et non validés, dans une vidéo intitulée « Coronavirus : fin de partie ! » le 25 février 2020, le pr. Raoult a monté en épingle les résultats d'injection de chloroquine, un antipaludéen peu onéreux qui aurait, selon lui, apporté des améliorations spectaculaires chez ses patients de l'IHU. Cette annonce est accueillie avec prudence par le conseil scientifique au vu de la faiblesse des essais menés, voire d'effets indésirables graves en cas de surdosage. De surcroit, l'affaire révèle la virulence des rivalités Paris - province. Inscrit dans la tradition de médecine coloniale de son père médecin militaire à l''Ecole du Pharo', Didier Raoult a créé trois ans plus tôt son institut hospitalo-universitaire en dépit des réserves de son confrère Yves Lévy, l'époux de la ministre de la Santé, Agnès Buzyn. Le PDG de l'Inserm est en effet chargé de coordonner l'activité des IHU. Confronté au scepticisme de ses confrères, Raoult ne cesse de critiquer le conseil scientifique, une instance « maniaque de la méthodologie" selon lui, issue du groupe REACTing où J-F Delfraissy serait coupable de mêler les fonctions de « porte-parole de la stratégie gouvernementale et la présidence du CCNE », à l'origine de polémiques sur les réseaux sociaux qui entache l'image de la recherche médicale (12).

Collège d'experts v/ démocratie sanitaire

Dès la fin du mois de mars 2020, la république des experts se trouve contestée par les avocats de la démocratie sanitaire. Dans une tribune au ton curieusement moralisateur, le sociologue Nicolas Henckes (CERMES3) évoque une victime collatérale  du coronavirus, la démocratie sanitaire issue de la loi Kouchner qui avait signé l'acte de naissance du droit des malades. "Nous avions commencé à prendre l’habitude de délibérer collectivement des enjeux de santé dit le sociologue. Ce mouvement a été d’un coup court-circuité depuis que nos instances de délibération et d’expertise sur la santé publique se sont tues ou presque  et c’est à une véritable faillite de notre démocratie sanitaire que l’on a assisté en quelques heures.../ A la place, les décisions ont été concentrées dans un haut commandement placé sous l’autorité directe de la présidence (et) l’expertise réorganisée au sein d’un comité ad hoc de vingt personnalités issues des mondes de la médecine et de la recherche, constitué en quelques heures! On dira que l’on fait face à une crise exceptionnelle et qu’il fallait se donner les moyens d’agir en urgence. Mais, outre que l’épidémie était non seulement prévisible, mais prévue (sic) – Pour l’instant, on voit bien que, tout en se disant guidés exclusivement par la science, nos gouvernants gèrent la situation à vue, en fonction des remontées des hôpitaux, des stocks de matériels disponibles, d’intérêts économiques et sociaux plus ou moins avoués et d’émotions plus ou moins avouables". Evoquant l'affaire de la chloroquine, il parle du "...défilé des experts dans la presse, faisant, avec une conviction inébranlable, la promotion des modèles les plus contradictoires, quelque chose d’indécent (re sic)", concluant son propos de manière radicale en prévenant que "le maintien de notre vie démocratique est en jeu" (13). Par delà l'hyperbole du sociologue, le covid-19 fait surgir des passions pour devenir un thème de contestation politique.

Auditionné par une commission d’enquête parlementaire en juin, J-F Delfraissy se défend d’avoir outrepassé la mission qu'on lui a confiée. «J ’ai lu qu’on était entré dans une espèce de pouvoir sanitaire qui se serait substitué au pouvoir politique, je le récuse de A à Z.  Chacun son rôle, ce sont les politiques qui décident et nous ne sommes là que pour les éclairer.../ Le confinement n'était pas la meilleure solution, mais la seule possible à l’époque car le virus circulait alors à un haut niveau avec un nombre déjà très élevé d’admissions en réanimation.../ Le président du conseil scientifique concède que si "...le confinement a été décidé en trois jours, il a fallu des années pour mettre en place le travail conjoint avec les associations de malades du sida" . Reste que "l’effet de sidération collective a conduit à revenir très en arrière par rapport aux idéaux qui ont prévalu en 2002 au moment de la mise en place des Etats généraux de la santé (loi Kouchner)" reconnait Christian Saout de la Haute autorité de Santé (14)

Les économistes de la santé, de leur côté mettent en cause l'Agence nationale de santé publique (SPF) installée en 2016, pour regrouper différentes agences dépendant du ministère de la Santé, tel l’Institut de veille sanitaire (InVS) créé au début des années 1990 à la suite de l'épidémie de sida. Claude Le Pen (U. Paris X - Dauphine) fustige la gestion calamiteuse des produits sanitaires conséquence de l'absorption par 'SPF' de l’Établissement de préparation et de réponse aux urgences sanitaires (EPRUS), l'organisme chargé du stock de masques de protection. A l'origine de cet absortion dit-il, la crise du H1N1 en 2008, une grippe porcine d'origine mexicaine, qui avait provoqué la mise en cause par la Cour des Comptes de la ministre de l'époque, Roselyne Bachelot, pour avoir dépensé plus de 700 M€ à l'achat de doses d'un vaccin finalement non utilisé (15).

A l'automne, alors que les mesures de confinement et la mobilisation hospitalière opérées ont permis d'écrêter la première vague de l'épidémie, passé l'intermède estival la contestation reprend toute sa vigueur. Des médecins et des chercheurs critiquent la « gestion par la peur » du gouvernement et de son conseil scientifique. Le cardiologue Jean-François Toussaint, professeur de médecine du sport à l'université Paris-Descartes affirme que "la létalité (du covid-19) s’est effondrée. (Alors) que le nombre de décès est divisé par cent (et que) le conseil scientifique nous parle de deuxième vague, faisant au passage oublier les conséquences catastrophiques – économiques, sociales et même sanitaires – du confinement» (16). De tels propos - contredits par les évènements puisque la deuxième vague en train de surgir se révèlera plus létale que la première - conduisent le président de la République à renoncer au re-confinement préconisé par le conseil scientifique pour se rallier à l'instauration d'un couvre-feu. L’exécutif doit adapter sa stratégie pour vivre avec le virus dit Emmanuel Macron, "on ne va pas faire payer à l’ensemble des Français le fait qu’on n’est pas bons sur les tests ! » (17). Fin octobre, tandis que le pays déplore cinquante mille nouveaux cas de covid-19 par semaine, la commission d’enquête parlementaire reprend ses travaux. Convoquée devant le Sénat, Agnès Buzyn, mal à l'aise, met en cause Santé publique France pour la mauvaise gestion des masques sanitaires. A la suite d'une boutade lancée par la sénatrice 'LR' Catherine Deroche, "l’exécutif aura peut-être des difficultés à trouver le prochain DGS, il n’aura aucun mal à trouver un nouveau ministre de la Santé", l'ex-ministre éclate en sanglots. Pour sa part, Olivier Véran son successeur assume ses responsabilités, « mon rôle n’est pas de tirer sur une agence qui fait de son mieux depuis le début de la crise. Je suis au milieu d’une bataille. J’ai besoin des troupes» (18).

La surprise du biologiste

'La crise du Covid-19 a pointé les fragilités de certaines démocraties'. Sous ce titre, Florence Rosier une excellente journaliste d'investigation, publie un entretien avec une sommité scientifique,  Philippe Kourilsky. Polytechnicien, il est entré à l'Institut Pasteur en 1972 (UR Inserm 277, 'Biologie moléculaire du gène'), puis il a dirigé la recherche chez Pasteur Mérieux (devenu Sanofi-Pasteur), avant de prendre celle de l’Institut en 2000 et d'occuper la chaire d’immunologie moléculaire au Collège de France. A la question de savoir s'il a été surpris par l’ampleur de la pandémie? il répond : "Oui, pourtant, comme immunologiste et ancien directeur de l’Institut Pasteur, je n’aurais pas dû l’être". A propos de la crise, il reconnait qu' : "...elle a été globalement bien gérée, hormis l’épisode initial sur les masques". A l'interrogation sur les failles de certaines démocraties, il explique que " le covid-19 a pointé les fragilités démocratiques des Etats-Unis.../ Outre le problème du racisme, le système de santé extrêmement coûteux, réservé aux riches, qui laisse les plus pauvres dépourvus de couverture sociale, classe ce pays, pourtant l’un des plus développés au monde, dans la catégorie des pays socialement archaïques et injustes" (19). La journaliste lui fait alors remarquer qu'à l'époque où il dirigeait l'Institut Pasteur, il a signé un accord avec la Chine, pays difficilement qualifiable de démocratie, en vue d'y installer un groupe de laboratoires; ce que confirme l'intéressé en précisant que l'accord portait, entre autres, sur l’Institut de virologie de Wuhan et son laboratoire de haute sécurité sur lequel se focalise l'origine de l'épidémie de covid-19.

L'Institut Pasteur, une modernisation problématique

En effet, nommé directeur de l'Institut Pasteur vingt ans auparavant, Philippe Kourilsky avait voulu moderniser l'organisme centenaire, notamment en le rapprochant de la recherche pharmaceutique et en nouant des coopérations internationales. Au début des années 1970, Jacques Monod avait procédé au découpage de l'institut en deux entités, une fondation 'Institut Pasteur' chargée de la recherche fondamentale et Institut-Pasteur-Production (IPP) de la fabrication et de la vente de vaccins, ce dernier ayant été absorbé dans les groupes Sanofi et Mérieux au cours des années 1980.  Appelé à la direction de l'Institut en 2000, Philippe Kourilsky apporte dans sa besace une proposition de la firme Pfizer de céder à Pasteur son site de recherche à Fresnes en banlieue parisienne. Ce rapprochement inquiète le syndicat CGT qui redoute une dérive vers des activités de sous-traitance pour l'industrie pharmaceutique. En fait, ce qui préoccupe davantage les syndicats est l'ambition affichée par le nouveau directeur de réformer le statut ambigu d'un organisme de droit privé, mais dépendant du soutien de l'Etat. L'institut est pénalisé dit Kourilsky par "...un système d'emploi scientifique inadapté, trop rigide, avec des rémunérations insuffisantes conduisant à la fuite des cerveaux et handicapé par une reconnaissance insuffisante de la performance". Au côté de quelques académiciens, il s'engage dans le débat national sur le statut des chercheurs lancé par le mouvement 'Sauvons la recherche' en 2003. Or ses prises de position sont vivement contestées, "...alors que les pasteuriens avaient obtenu les mêmes avantages que leurs collègues de l'Inserm ou du CNRS, (il) veut faire disparaitre la grille des salaires en remplaçant l'avancement à l'ancienneté au profit de l'avancement au mérite, c'est-à-dire en brisant le lien avec la fonction publique" (20). Désavoué par son conseil d'administration en 2006, Philippe Kourilsky quitte la direction de l'Institut, non sans se préoccuper d'alerter la communauté internationale à propos de la récurrence du risque épidémique.

A cette occasion, son conseiller pour les affaires médicales, Jean-Paul Lévy (CHU Cochin), s'interrogeait sur l'inaptitude pasteurienne à se défaire de l'opposition stérile entre la recherche fondamentale et ses applications. "A l'Institut Pasteur, la divinisation du tout fondamental qui lui est liée depuis quarante ans mérite d'être remise en question, même si beaucoup d'esprits ont du mal à mettre en cause les dogmes de leur jeunesse.../ Plus encore qu'ailleurs, il règne autour de tout cela une sorte de snobisme qui distingue les vrais chercheurs des autres, la valetaille.../ Forte d'une base historique solide qui remonte à la naissance même de l'institution, (la microbiologie) s'était un temps estompée au moment où se développait la génétique moléculaire, alors que l'on pensait les maladies infectieuses en voie de disparition, du moins dans les pays riches grâce à l'hygiène, aux vaccins et aux antibiotiques.../ Mais aujourd'hui, nous savons que l'infection bactérienne, virale, parasitaire ou mycosique sans oublier les prions, est revenue en force et qu'elle ne nous quittera pas.../Contrairement aux visions étroites de quelques-uns, ce sont toutes les disciplines qui devraient être privilégiées sans préjugés aristocratiques, de la recherche fondamentale à la collaboration avec le monde médical et la santé publique" (21).

Le P4 du 'Wuhan Institute of Virology'

En mai 2020 dans 'La Recherche', Florence Rosier fait le point sur la genèse du laboratoire P4 de Wuhan en évoquant le souci de Philippe Kourilsky de développer des relations avec la Chine. Quelques années plus tôt, alors qu'il était à la direction de Pasteur, à la demande du dr. Chen Zhu le ministre de la santé chinois un francophile formé à l’hôpital Saint-Louis chez Laurent Degos, en 2004 il avait installé un comité de pilotage censé équiper un laboratoire P4 au 'Wuhan Institute of Virology' (WIV). Dans un labo P4, le travail s'effectue en enceinte dépressurisées sous scaphandres de protection. "Les Chinois avaient besoin d’aide pour réaliser ce type d'équipement destiné à l'étude des agents pathogènes les plus dangereux dit Kourilsky, "il y a quinze ans, la recherche chinoise n’était pas considérée comme de haut niveau et (les Chinois) ont pensé qu’ils auraient intérêt à collaborer avec la France, notamment avec l’Institut Pasteur .../ Ils étaient d’autant plus motivés qu'ils venaient d'être frappés par l'épidémie de grippe aviaire (SRAS) . Il semblait totalement absurde de priver un pays quatre fois plus peuplée que les États-Unis des moyens de mener des recherches sur un risque sanitaire majeur, d’autant que la Chine est un point chaud reconnu pour l’émergence de zoonoses virales". Néanmoins cette proposition de coopération fut diversement appréciée souligne l'ancien directeur de Pasteur, "...des hauts fonctionnaires du Quai d'Orsay étaient plus ou moins sous l’autorité du Secrétariat général de la défense et de la sécurité nationale.../ Il faut dire qu’on était dans l’après 11-septembre qu'il y avait, dans les services de sécurité français, la crainte que la Chine ne devienne capable de fabriquer des armes biologiques" (22).

Fin 2006, Philippe Kourilsky a démissionné du comité de pilotage du projet pour céder la place à Alain Mérieux, le patron de l'institut éponyme qui a construit le 'Laboratoire Jean-Mérieux' de Lyon en 1999 ayant servant de modèle à son homologue chinois. L'inauguration du P4 du WIV a lieu en juillet 2011 alors qu'Alain Mérieux quitte son comité de pilotage pour céder la place au PDG de l'Inserm, Yves Lévy. A cette occasion, la revue de l'Inserm 'Sciences et Santé' donne la parole à Hervé Raoul, alors directeur du laboratoire lyonnais, pour présenter la réussite de cette coopération franco-chinoise. Mais, après une unique réunion tenue à Pékin fin 2017, la relation tourne court et les Chinois prennent l'affaire en mains. Dans 'La Recherche' Florence Rosier en s'interrogeant sur le comportement ambigu du directeur de l'Inserm, cite le témoignage d'un diplomate à propos du travers classique des occidentaux dans ce genre de négociation, "...une naïveté hostile qui consiste à croire que ce pays est le mal absolu et une naïveté bienveillante, qui veut croire qu’il n’est d’autre choix que de se soumettre face à la grande puissance du XXI^e siècle.../ Lorsque la Chine signe un accord, il est clair que les réalisations ou ses retombées deviendront au bout d’un certain temps complètement chinoises ». Une fois la France retirée de l'affaire, les États-Unis s'y sont précipités. "Ils avaient suivi de près le projet franco-chinois, sans cesser d’en donner une image négative.../ En revanche, une fois le P4 accrédité, j’ai vu débouler les Américains pour entamer des discussions avec eux" témoigne le responsable de la sécurité du P4 chinois, Gabriel Gras de l'Institut CEA-CNRS 'Biosciences and Biotechnologies Institute of Aix-Marseille' (23)

Une cooperation hasardeuse

Au printemps 2020, malgré les lacunes des informations en provenance de Chine, l’hypothèse d’une création synthétique du coronavirus semble écartée au profit d'une origine naturelle. Cette nouvelle disculpe de ses responsabilités Shi Zhengli surnommée 'batwoman', la chercheuse au WIV, diplômée de l'université de Montpellier, qui avait découvert le SRAS-CoV-1 chez les chauves-souris. Cinq ans auparavant, la revue américaine 'Science' avait révélé que le WIV avait collecté ce virus chez les chauve-souris d'une mine de cuivre de Mojiang où six ouvriers furent hospitalisés victimes d’une pneumopathie sévère, dont trois devaient décéder (25). En 2015, le WIV et l’université de Caroline du Nord (Chapel Hill) publient une étude sur le rôle des chauves-souris comme réservoirs de coronavirus. Confirmant cette hypothèse, sous l'administration Trump la presse anglo-saxonne fait état d'une enquête diligentée par les Américains : "Secretary of State Mike Pompeo said there was a significant amount of evidence that the new coronavirus emerged from a Chinese laboratory, but did not dispute U.S. intelligence agencies conclusion that it was not man-made" (24).  

Mais la question du transfert à l'espèce humaine reste irrésolue. L’hypothèse que le SRAS-Cov-2 provienne des collections du WIV et se soit échappé à la suite d’une erreur de manipulation ne saurait être écartée, même si elle reste impossible à vérifier faute d'accès aux cahiers de laboratoires. Cette incertitude a été nourrie par le laxisme supposé des Chinois vis-à-vis des normes de sécurité drastiques exigées dans un labo P4. « Au début de la construction de sa construction, ils étaient de bonne volonté, mais effectivement loin de comprendre la nécessité des normes de construction à des fins de sécurité, cette désinvolture rendait nerveux les chercheurs français impliqués dans le projet ", en réalité estime Kourilsky, "les Américains enrageaient de ne pas avoir construit ce P4. Ils estimaient que c’était à eux de le faire ". L'OMS a certes envoyé une équipe d’experts internationaux à Wuhan au début de l'année 2021, mais l'enquête effectuée sous la surveillance des autorités chinoises n'a pas aboutie. Tout en dénonçant la supposée responsabilité d'un laboratoire américain ou d'une contamination par des produits surgelés, les Chinois s’opposent à de nouvelles investigations demandées par l'OMS, tout en lui reprochant des motivations plus politiques que scientifiques (25). "Un pas en avant, trois pas en arrière conclut Florence Rosier, la valse-hésitation de la France, il est vrai désorientée par l’opacité de la Chine, a conduit à un immense gâchis. Vertigineuse défaite en vérité car si les coopérations entre la France et l’Institut de virologie de Wuhan avaient été à la hauteur des espérances, que se serait-il passé si des équipes françaises avaient été sur place en décembre 2019 ?" 

La course au vaccin

A l'été 2020, alors que le covid-19 a fait près de 650 000 morts dans le monde, la vaccination se présente comme le meilleur moyen de lutte contre la pandémie. Mais si les projets sont nombreux, aucun vaccin n'est disponible. La recherche vaccinale a commencé dès le début de l'année pour répondre à la triple contrainte d'efficacité, d'innocuité et de production. Les spécialistes pensent aboutir avant la fin d'année 2021, alors qu'il n'existe aucun vaccin contre le VIH quarante ans après l'épidémie de sida. Pour lutter contre le virus, plusieurs techniques sont envisageables, celle des 'anciens' qui ne jurent que par les vaccins basés sur une version atténuée ou inactivée du virus original, celle des modernes développée sur la base d'un vecteur génétiquement modifié qui exprime l’antigène souhaité - la voie choisie par Pasteur, Sanofi ou Astra-Zenecca - et celle des futuristes qui misent sur l’ARN messager qui agit sur la couronne protéique (spike) qui enrobe un coronavirus. Quelle qu'en soit l'origine, l'usage d'un nouveau vaccin implique trois phases d'essais. La première permet d'évaluer sa tolérance et son absence de toxicité et ne requiert que quelques dizaines de volontaires, la seconde détermine la dose optimale d'une vaccination et ses éventuels effets secondaires, elle repose sur plusieurs centaines de patients, enfin la dernière, la plus décisive, évalue son efficacité avant l'autorisation de mise sur le marché. Dans cette troisième phase, le candidat-vaccin est comparé en double aveugle à un placebo ou à un traitement de référence, ce qui implique plusieurs milliers de participants donc des coûts importants à la charge de l'industrie ou des pouvoirs publics (26).

A l'Institut Pasteur, les chercheurs ont tardé à mesurer l’ampleur de l’épidémie. Début 2020 Arnaud Fontanet doit organiser une réunion afin de mobiliser ses collègues virologues. Sylvie van Der Werf se souvient : "à ce stade, nous (n'étions) pas très inquiets. Nous n’avions encore aucune idée du fort degré de transmission du virus et nous ne savions pas non plus que contrairement au SRAS, une personne peut être contagieuse avant d’avoir des symptômes» (27).  Les cas de covid-19 détectés semblaient essentiellement importés ajoute Christophe d’Enfert le directeur scientifique de l'Institut, "ce qu’on ne voyait pas, c’était la partie immergée de l’iceberg, le fait que l’épidémie se répandait à bas bruit" (28). Frédéric Tanguy le patron du laboratoire d'innovation vaccinale propose d'utiliser un vecteur viral modifié de la rougeole pour présenter l’antigène du corona expérimenté contre le SRAS. Grâce à un financement européen, les essais débutent en juillet à l'hôpital Cochin.  « Un vaccin est aussi difficile à concevoir qu’un Airbus A380, alors qu'il s'agit de le produire à plus de cent millions de doses» et les pasteuriens s'allient avec Merck Sharp & Dohme (MSD), mais l’urgence ne doit surtout pas nous faire jouer aux apprentis sorciers" prévient Christophe d’Enfert. Erreur stratégique ou mauvaise anticipation?  Dans un communiqué lapidaire de janvier 2021, 'MSD' indique qu'elle cesse le développement du vaccin pasteurien, «dans ces études de première administration chez l’homme, ce candidat-vaccin a été bien toléré, mais les réponses immunitaires induites se sont avérées inférieures à celles observées chez les personnes guéries naturellement ou à celles observées avec d'autres vaccins » (29).

Les limites de 'Big Pharma'

Avec l'échec de Pasteur, Sanofi sort de la course en signant l'autre mécompte des projets vaccinaux français. Fleuron de 'Big pharma', la multinationale Sanofi résulte de la fusion de Rhône-Poulenc, Synthélabo et de l'allemand Hoechst. Sanofi s'est appuyé sur sa participation à Institut-Pasteur-Production pour confier à sa filiale, Sanofi-Pasteur, le développement des vaccins. Début 2020, Sanofi-Pasteur et Glaxo Smith Kline (GSK) décident de s'appuyer sur la technique des protéines recombinantes pour développer un vaccin. En juin, l'annonce par son directeur, Paul Hudson, d'une commande exclusive du gouvernement américain suscite la réaction du Premier ministre français Edouard Philippe. Celui-ci tient à rappeler "...le principe d’égal accès à la vaccination à laquelle serait tenu une entreprise profondément française" (30). En réalité, les sites de production de Sanofi sont implantés dans une trentaine de pays, 62 % de son capital est étranger et la firme ne réalise que 6 % de son chiffre d’affaires en France.  Cependant, lestée d'une subvention publique de 200 M€, la firme accepte d'investir 490 M€ dans la construction d'une nouvelle usine à Marcy-l’Etoile (Rhône). Reste que les performances de son candidat-vaccin s'avèrent peu satisfaisantes en raison d’une concentration insuffisante d’antigène. Cette absence de résultats suscite l'amertume des salariés, ulcérés par la baisse des activités de R&D menées en France. « Normalement, quand on réalise des essais, on vérifie que les réactifs de contrôle fonctionnent, explique Fabien Mallet, le responsable CGT. Je ne comprends pas que l’on ne se soit pas rendu compte du problème plus tôt (et) qu’un acteur majeur comme Sanofi ne soit pas plus vigilant vis-à-vis de ses fournisseurs. Finalement, on a l’impression d’un travail fait à la va-vite !" (31)

"Derrière l'impuissance de Pasteur et de Sanofi à franchir la barre des essais cliniques, c’est tout l’appareil de la recherche française qui a décroché" juge Philippe Escande, l'éditorialiste économique du Monde qui pointe la faiblesse du budget de la recherche publique, 2.6% du PIB français en 2020 (32). Or cet argument financier mérite d'être discuté. On note que dans le cas du sida, ce n'est pas le manque de moyens, mais des difficultés techniques majeures qui ont empêché la mise au point d'un vaccin (26 bis). Quant à évoquer la faiblesse du budget de la recherche, cette explication semble moins pertinente à certains économistes que l'opposition entre politiques sanitaires et stratégies des 'big pharmas'. Pour Nathalie Coutinet (U. Sorbonne-Paris Nord), membre du groupe contestataire des 'Economistes attérés', "chez les fabricants de médicaments, la logique actionnariale l’a emporté sur celle de santé publique.../ L’industrie est incitée à innover, mais uniquement là où elle peut négocier les prix les plus élevés et non en fonction des besoins sanitaires massifs ou urgents. Aux Etats-Unis, où la santé publique est considérée comme une marchandise et non comme un bien public, les prix sont beaucoup plus élevés et l’incitation à innover bien plus forte, même si l’état de santé global de la population en pâtit. Par ailleurs, le passage de la recherche de molécules chimiques à la recherche en génomique a considérablement renchéri les coûts de R&D. Les labos préfèrent sous-traiter leur recherche à des start-up biotechnologiques, quitte à les racheter, elles ou leurs brevets, si elles obtiennent des résultats prometteurs. Cette externalisation a renforcé la financiarisation du secteur, dans la mesure où ces start-up doivent lever du capital-risque auprès d’investisseurs recherchant des profits élevés et à court terme et comme l’écosystème du capital-risque est beaucoup plus développé aux Etats-Unis qu’en Europe, les entrepreneurs des biotechs européennes partent également de l’autre côté de l’Atlantique" (33).

La percée de l'ARN messager

En réalité, l'efficacité révélée en phase 3 des vaccins ARNm initialement produits par deux startups se révèle déterminante dans la lutte contre le covid-19, un "miracle (d'après) la communauté scientifique" précise Olivier Véran, porteur de vastes promesses pour la recherche médicale (33 bis).  Dans les dernières décennies du vingtième siècle, des chercheurs pensaient que l'injection d'ARNm pourrait répondre aux besoins d'immunothérapies anti-cancéreuses. Identifié par François Gros, décrit par Jacques Monod et François Jacob tous deux nobélisés en 1965, l'ARNm est la copie transitoire d'une portion d'ADN qui synthétise les protéines au sein de la cellule. Mais, outre l'extrême fragilité de la molécule d'acide ribonucléique, son injection provoque d'importantes réactions inflammatoires raison pour laquelle certains chercheurs ont privilégié l'ADN, non sans des risques révélés par les premières génothérapies.

Katalin Karikó, une chercheuse d'origine hongroise et son collègue Drew Weisman de l'université de Pennsylvanie ont trouvé la manière de modifier chimiquement l'ARNm  pour diminuer son impact inflammatoire en usage vaccinal, tout en préservant ses capacités de réplication. Contactée par deux startups, Moderna et BioNTech, une société allemande, Katalin Kariko choisit de se lier à cette dernière, une firme fondée en 2008 par Uğur Şahin, un médecin turc qui travaille avec son épouse Ozlem Türeci à l'université Johannes-Gutenberg de Mayence. En janvier 2020,  le dr. Sahin fort de ses travaux en cancérologie perçoit immédiatement l'intérêt d'un ARN artificiel pour lutter contre la coronavirus. La technique est prometteuse, mais nécessite de nombreux essais, ce qui conduit BioNTech à s'associer à la firme américaine Pfizer au printemps 2020. En octobre, les essais de phase 3 valident le 'BNT162b2' qui code pour l’ensemble de la protéine 'spike', ce qui révèle une efficacité de 94%. Rapidement commercialisé par Pfizer sous le nom de 'Cominarty', il permet de débuter la vaccination des personnes de plus de soixante quinze ans et des sujets à risques dès le début 2021 (33 ter).

Moderna est une start-up fondée en 2008 pour développer des thérapies protéiniques à partir des recherches menées au Boston Children's Hospital (U. Harvard). Lorsqu'il en prend la direction en 2011, Stéphane Bancel, un centralien français diplômé en génie chimique et biomoléculaire, la start-up ne détient qu'un brevet et ne compte qu'un unique salarié. "Stéphane sait prendre des risques, les assumer et foncer" résume Alain Mérieux, qui avait financé son Master of Business administration (U. Harvard) avant l'appeler à la tête de l'Institut Mérieux où il a cotoyé Christian Bréchot, l'ancien directeur de l'Inserm. Début 2020, Donald Trump lance l’opération 'Warp Speed' qui permet à Anthony Fauci le directeur du 'National Institute of Allergy and Infectious Diseases' (NIH) de miser sur le développement d’un vaccin ARN (34). En juillet, grâce à une subvention de 480 M$ Moderna lance les essais de phase trois de son candidat-vaccin qui confirment une efficacité équivalente à celui de BioNtech. A la fin de l'année en France, les deux vaccins ARN sont validés par la Haute autorité de santé (HAS). La campagne de vaccination peut débuter moins d'un an après leur invention et un an plus tard 'Comirnaty' (Pfizer) et 'Spikevax' (Moderna) resteront avec 'Vaxzevria' (AstraZeneca) qui n'est pas un vaccin à ARN, pratiquement sans concurrence dans la lutte contre la pandémie.

Ces résultats trahissent-ils le manque de pilotage de la recherche publique évoqué dans un rapport de la Cour des Comptes, ou valident-ils - à l'inverse - les vertus de l'innovation dans une économie libérale? Pour certains économistes d'outre-Atlantique nul doute que « ...la clé des vaccins contre le Covid-19 réside dans le pragmatisme des entreprises privées plutot que dans les résultat d’une planification étatique" (35). "L’insolente réussite" (sic) des vaccins ARN suscite d'ailleurs le mea culpa du 'Monde' : "avouons-le honnêtement,  nous-mêmes n’osions y croire écrit Nathaniel Herzberg. Dans ces mêmes colonnes, nous avions manifesté nos doutes face à la course de vitesse dans laquelle s’était lancé le monde de la recherche médicale en quête d’un vaccin contre le Covid-19. Pas tant devant son ampleur qui ne pouvait qu’accélérer la découverte d’une parade contre le virus, mais sur cette compétition acharnée, conduite sans coordination. Ne négligeait-on pas des pistes prometteuses au nom de l’urgence ? Il n’empêche : désormais, c’est moins l’efficacité des vaccins qui inquiète que la capacité des Etats à immuniser leur population rapidement. Un retournement de perspective que peu de gouvernements avaient anticipé et qui pourrait bien en faire les victimes collatérales d’un succès scientifique" (36). 

Vaccination : persuasion v/ coercition

Dès juillet 2020, alors qu'aucun vaccin n'est disponible, sinon sous forme de promesse, le 'Conseil scientifique covid-19' s'est préoccupé de définir une stratégie vaccinale, notamment pour le personnel de santé, les personnes âgées et en grande précarité. Le principe de l'obligation vaccinale est rejeté au bénéfice d'une 'vaccination organisée', autrement dit d'un effort de communication plutôt que d'un recours à la coercition (37).  A l'automne 2020, l'Inserm lance un appel à volontaires pour des essais cliniques sur la plate-forme 'Covireivac' du réseau de Centres d’investigation clinique (CIC). Quant au 'Monde', il participe à cet effort d'information en lançant un appel à ses lecteurs : "l’idée de vous faire vacciner contre le coronavirus vous inquiète ? Partagez vos craintes face au futur vaccin, racontez-nous les raisons de votre refus a priori et ce qui pourrait vous rassurer" (38). De fait, à la fin de l'année 2020 tandis que la perspective d'une campagne de vaccination à grande échelle se dessine, un hashtag #antivax fait un tabac sur les réseaux sociaux pour dénoncer la politique liberticide du gouvernement, tandis qu'un sondage d'opinion prétend qu'un Français sur deux ne se fera pas vacciner. Restant critiquée par certains tenants de la démocratie sanitaire, en novembre le Premier ministre Jean Castex doit monter au créneau pour souligner la transparence de cette stratégie vaccinale qui sera coordonnée par le pr. Alain Fischer (39).

La campagne lancée en janvier 2021 est un succès qui n'empêche pas les manifestations organisées par des réfractaires aux motivations souvent confuses. En juillet, l’exécutif tente d'opposer à la majorité silencieuse des Français favorables à une minorité qui dénonce une supposée dictature, "...à certains éléments hostiles à l’extension du passe sanitaire et à l’obligation vaccinale (qui) comparent leur sort à celui des victimes de la shoah, voire pour les plus radicaux qui n'hésitent pas à dégrader des centres de vaccination et à menacer certains soignants.../  La liberté, ce n’est pas refuser un vaccin qui protège, ni de se soustraire aux impôts ou de rouler à contresens sur l’autoroute " morigène Olivier Véran en ouvrant les débats sur un projet de loi qui doit étendre l'usage du passe sanitaire et imposer la vaccination aux soignants (40). Au vrai, le président Macron et son gouvernement ont gagné le pari consistant à avoir plus de la moitié la population vaccinée à l'été 2021. En octobre, alors que le pays veut éviter les effets dévastateurs d'une nouvelle vague épidémique et propose de coupler le vaccin anti-grippal à celui anti-covid, le pays compte plus de 70% de vaccinés.

Le monde d'après

Il est évidemment trop tôt pour imaginer ce que sera un monde post covid-19, d'autant que l'on semble loin d'en avoir terminé avec la pandémie et les mutations récurrentes des coronavirus. Néanmoins, un état des lieux permet d'avancer quelques remarques sur son évolution au cours des deux dernières années. Comme ce fut le cas pour le sida, en mettant en place le conseil scientifique covid-19 à partir du groupe 'REACTing' (41), et si l'on excepte la polémique déclanchée par le pr. Raoult, le corps médical s'est révélé plus efficace qu'une administration empétrée entre le souci de transparence d'une démocratie sanitaire et aussi dans l'incontrôlable brouhaha des réseaux sociaux. Quoiqu'il en soit et compte tenu de la forte mobilisation hospitalière, le système de santé a permis d'écrêter les vagues successives de l'épidémie, plaçant la France dans l'honorable moyenne des pays développés. En avril 2021, on y compte un peu moins de 100 000 décès pour cause de covid, soit un ratio de 1450 par million d'habitants, derrière l'Italie (1850), le Royaume-uni (1900) ou les Etats-Unis (1730), mais évidemment loin de la Chine avec le chiffre d'ailleurs peu crédible de 3,3 décès par million d'habitants (42). Pour mémoire, 118 000 décès sont répertoriés en France en octobre 2021 (157 000 en novembre 2022) contre plus de 700 000 aux Etats-Unis. Quant à la vaccination, notre pays s'est présenté comme l'un des plus actifs en Europe.

De son côté, au cœur des débats dans les instances académiques, le déclin de la recherche française est dénoncé dans les media. Si l'on se tourne vers l'Institut Pasteur dont il a été question ici, on peut mettre en parallèle son efficacité en terme d'épidémiologie avec ses faiblesses en matière de tests et de microbiologie pourtant inscrite dans sa vocation historique, surtout si on la compare à ses activités en matière de sida récompensées par le Nobel de 2008. De même, on peut évoquer le rôle des pasteuriens dans l'identification des acides ribonucléiques, distingué par le Nobel 1965, et le déclin de sa recherche qui a fait passer l'Institut à côté des vaccins à ARN un demi-siècle plus tard. Faut-il incriminer un déficit de matière grise ou des défauts d'organisation? La formation des chercheurs semble moins en cause que certains facteurs  organisationnels. Ainsi a t-on évoqué  le rôle d'une chercheuse du 'WIV' formés dans nos universités, comme l'activité de chercheurs français dans des laboratoires étranger, voire de l'un d'entre eux formé chez Mérieux à la tête d'une start-up américaine. En revanche, la recherche institutionnelle en France a révélé de réelles faiblesses, en particulier dans les sciences de la vie où la dichotomie appuyée entre la recherche fondamentale et ses applications semble relever d'un passé largement idéalisé quand elle ne trahit pas des postures corporatistes, probablement à l'origine de certaines des contre-performances évoquées  ici (43).

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NOTES
(*) L’OMS a choisi l'acronyme Covid-19 en février 2020; « co » se réfère à corona la famille du virus, « vi » à virus et « d » à disease, le mot neutre en anglais pour maladie; le chiffre 19 indiquant le millésime de son apparition.
(1) Benkimoun P., Lemaitre F. , 'une pneumonie d'origine inconnue en Chine', Le Monde 9 janv. 2020
(2) 'Coronavirus en Chine : 25 morts, l'OMS ne déclare pas encore d'urgence internationale', AFP et LM 23 janv. 2020. Voir aussi 'Rosier F., Roucaute D., 'Eprouvée par la pandémie, l'OMS au défi des réformes', Le Monde, 23 mai 2022
(3) 'Isolement, traçage: des mesures barrières contre le coronavirus', entretien avec A. Fontanet (R. Barroux) , LM 25 janv. 2020
(4) 'Coronavirus : un troisième cas d’infection confirmé en France', LM 24 janv. 2020
(5) Décugis, J-M, 'L'étrange licenciement de Jérôme Salomon de l'Institut Pasteur en 2012', Le Parisien, 14 janv. 2021
(5bis) Nouchi F., 'Coronavirus, les graves insuffisances françaises', Le Monde, 19 mars 2020. Sur le suivi de la crise épidémique telle que vue par l'ex-ministre de la Santé, voir le plaidoyer pro domo d'Agnès Buzin, 'Journal. Janvier - juin 2020', Flammarion, 2023.
(6) 'Diagnostic, vaccin, évolution… où en est la recherche sur le coronavirus', LM 3 fév. 2020
(7) Benkimoun, P.,' La recherche française mobilisée contre le Covid-19', LM 12 mars 2020
(8)  Ibid.
(9) Bacqué, R., De Royer S., Faye O., Hecketsweiler, Lemarié A. et Pietralunga C., 'Macron et la République des experts. Pour décider, l'exécutif s'appuie sur un collectif de onze scientifiques présidé par Jean-François Delfraissy', LM, 12 mars 2020
(10) Delfraissy J-F, 'Nous avons une vision à quatre semaines', LM, 20 mars 2020 
(11) Benkimoun P., Op. cit., voir aussi 'Chasseur de microbes' (Grand prix Inserm), Le Hir, LM, 19 nov. 2010
(12) Chemin A., Etchegoin M-F., Raoult, une folie française, Gallimard, 2021; Morin H., Rof G., 'Didier Raoult: révélations sur une dévience scientifique', LM, 28 mai 2023. L''affaire Raoult' semble contribuer à renforcer la veille de l'intégrité scientifique (Cabut, S., 'Clara Locher traque les liaisons dangereuses entre chercheurs et revues', LM, 22 aout 2023) 
(13) Henckes, N., 'La faillite de notre démocratie sanitaire', Tribune, LM, 26 mars 2020
(14) Legros C., Santi P., 'Jean-François Delfraissy, un équilibriste sur le fil de l'épidémie', LM, 17 juin 2020, J-F Delfraissy a dressé le bilan de son activité au cours de l'épidémie in 'Un médecin au front', Seuil, 2023 (LM, 131023)
(15) Le Pen C., ' Coronavirus. En 2007, la France avait su mettre au point un dispositif de protection très ambitieux contre des pandémies ', Tribune, LM, 30 mars 2020. En juin 2020 le déficit de l'assurance maladie pourrait atteindre 31 Md€
 (16) Herzberg N., Morin H., 'Des chercheurs fustigent la gestion par la peur du gouvernement', LM, 12 sept 2020
 (17) Lemarié A., Faye O., 'Coronanavirus, Macron refuse d'imposer trop de contraintes', LM, 16 sept 2020
(18) De Royer S., Hecketsweier C., 'Commission d’enquête sur le Covid-19 : au Sénat, Agnès Buzyn et Sibeth Ndiaye sous le feu des critiques', LM, 24-25 sept. 2020. Le plaidoyer pro domo d'A Buzyn est publié in ' "Journal. Janvier-juin 2020 : six mois face au tsunami du Covid-19", LM, 20 oct. 2023
(19) Kourilsky Ph. (entretien avec F. Rosier), ' La crise du Covid-19 a pointé les fragilités de certaines démocraties',  LM, 27 juin 2020
(20) Le Hir P., 'Un iconoclaste engagé dans le débat public sur la recherche', LM, 27 juin 2005
(21) Lévy J.-P., 'Quel avenir pour l'Institut Pasteur ?' , Tribune, LM, 24 sept. 2005
(22) Rosier F. , 'La pandémie du coronavirus révèle les failles de la coopération franco-chinoise sur les maladies infectieuses émergentes', La Recherche,  mai 2020. Deux ans plus tard, le rôle du WIV à l'origine l'origine de l'épidémie reste énigmatique, cf. F. Rosier 'Le Mystère de l'origine du covid-19', LM, 12 avril 2022
(23) Rosier, F., La Recherche, mai 2020, ibid.
(24) Reuters cité par CNews, 3 mai 2020. Voir aussi 'Le mystère de l'origine du covid-19', LM, 12 avril 2022 et Y. Sciama, 'Manipulations des virus, la fuite en avant', LM, 8 octobre 2022
(25) AFP, LM, 13 aout 2021
(26 ) Le biologiste Hervé Le Guyader (U. P&M Curie) explique la différence entre un rétrovirus et un coronavirus. "L'explication est à la fois simple et complexe. Simple : le virus se réplique dans les macrophages et les lymphocytes T  du système immunitaire, le système qui devrait repérer levirus intrus. Or le but de la vaccination est de doper le système par la reconnaissance d'un antigène. Or le VIH n'est pas à la source d'une reconnaissance immunitaire. Tout se passe comme s'il était transparent au système immunitaire, et il peut alors l'utiliser pour se répliquer. En réalité, c'est l'ennemi suprême ! Complexe : pour pénétrer dans les macrophages et les lymphocytes T, le VIH se lie à une glycoprotéine CD4, qui est utilisée pour réaliser l'interaction avec les cellules présentatrices des antigènes. Donc le VIH se sert du mécanisme intime de l'activation de la réponse immunitaire... Comment veux-tu réaliser un vaccin dans ces conditions ? Je sais que les immunologistes ont tenté de contourner ce processus, mais ils n'y sont pas arrivés. Pour résumer : on ne peut utiliser une protéine de surface, car elle est transparente au système immunitaire (les épitopes varient continuellement, et sont glycolysés) ; ils peuvent utiliser une protéine interne, mais alors elle est cachée... Néanmoins, il y a des essais en tentant d'avoir des réponses à partir de peptides de synthèse qui portent les séquences protéiques les plus stables d'une protéine de surface... mais là, je suis incompétent ! " (HLG à JFP, 27 fév. 2021)
(27) 'Diagnostic, vaccin, évolution... Où en est la recherche sur le coronavirus', LM, 3 fév. 2020
(28) Rosier F., Perrin D., 'A l’Institut Pasteur, la rage de vaincre le covid-19', LM, 22 mai 2020
(29) Herzberg N., Rosier F., 'Pourquoi l'Institut Pasteur a abandonné son principal projet de vaccin?', LM, 26 janv. 2021
(30) Philippe E., Boyer G., Impressions et lignes claires, J-C Lattès, 2021
(31) Aeberhardt C., Gatinois C., 'Comment Sanofi s’est retrouvé distancé dans la course au vaccin contre le covid-19', LM, 11 janv. 2021
(32) Escande P., 'Derrière l’Institut Pasteur et Sanofi, c’est tout l’appareil de la recherche française qui a décroché', LM, 28 janv. 2021
(33) Coutinet N. (ent. avec A. Reverchon), 'Covid-19 : le fait que Pfizer ait découvert un vaccin avant Sanofi n’est pas une surprise', LM, 5 fév. 2021
(33 bis) Véran, O. , 'Par-delà les vagues. Journal de crise au cœur du pouvoir', Robert Laffont, 2022
(33 ter) Sur la réussite du vaccin Cominarty, voir Chaffin Z., ''Pfizer, le laboratoire champion du Covid-19, LM, 31 déc. 2021, voir aussi un entretien avec Ugur Sahin, "ARNm, nous allons avoir les outils pour rendre les maladies moins terrifiantes', LM, 4 janv. 2022 et 'Katalin Kariko. J'étais l'archétype de la scientifique qui lutte et qui chute', LM, 2 juil. 2022. Katalin Kariko et Drew Weissman sont récompensés par le Nobel 2023 pour la mise au point du vaccin ARN , LM, 3 oct. 2023 
(34) Hecketsweiler C., 'Le coronavirus pourrait être un tremplin pour la découverte d’une nouvelle génération de vaccins', LM, 6 fév. 2020
(35) McCloskey D. N., Mingardi A., The Myth of the Entrepreneurial State'. American Institute for Economic Research, oct. 2020
(36)  Herzberg, N., 'Covid-19, l'insolente réussite des vaccins', LM, 8 mars 2021. Un an plus tard, le quotidien évoque les développements envisagés des vaccins ARNm (LM, mars 2022). 
(37) ''Calendrier, essais cliniques, financement : où en est-on dans la course au vaccin contre le covid-19', LM, 27 juillet 2020
(38) 'L'idée de vous faire vacciner vous inquiète ? Témoignez', LM, 23 nov. 2020; 'Quelques 25000 volontaires français appelés à tester les vaccins', C. Aeberhardt, LM 1 oct. 2020
(39) 'Comment faire pour que les Français acceptent le vaccin contre le Covid-19 ? ', LM, 30 nov. 2020. Sur la contestation des tenants de la démocratie sanitaire, voir B. Stiegler et F. Alla 'Santé publique, année zéro', tracts Gallimard, n° 37, mars 2022
(40) Lemarié A., 'Le gouvernement veut marginaliser les anti-vax', LM, 24 juil. 2021
(41) Sur la fin du conseil scientifique : Rosier, F., Roucaute, D., 'Covid-19, quel bilan pour le conseil scientifique à l'occasion de sa fin annoncée?', LM, 17 juil. 2022 et  D. Roucaute, 'Clap de fin pour le conseil scientifique', LM, 23 juil. 2022, et la fin de la pandémie, Rosier, R., Roucaute D., 'Après trois ans de pandémie, que reste t il du covid-19?' LM, 11 mars 2023
(42) Statistiques épidémiques dressées en avril 2021 par M. PIcard
(43) Voir par exemple, Egly, J-M, 'Réagir maintenant ou jamais pour la recherche', LM, 26 mai 2022